Non, car le métro à Tokyo est géré par des compagnies privées :
En revanche, la ligne de train circulaire Yamanote qui dessert les 30 principaux quartiers touristiques de la capitale (Ueno, Akihabara, Shibuya, Harajuku, Shinjuku, Ikebukuro...) est gérée par Japan Rail et donc gratuite pour les porteurs du JR Pass.
C'est également le cas de nombreuses autres lignes qui quadrillent efficacement l’agglomération de Tokyo.
Pour des primo-voyageurs au Japon, il est possible de passer plusieurs jours à Tokyo en utilisant seulement le JR Pass ou presque.
Voici la carte du réseau JR à Tokyo (cliquez sur l'image pour l'agrandir) :