La grande majorité du réseau national de train Japan Railways (JR) est accessible gratuitement aux porteurs du JR Pass.
C’est cette même compagnie qui exploite le plus grand réseau de transports au Japon, et de loin :
À Tokyo par exemple, la ligne Yamanote circulaire qui dessert tous les quartiers touristiques principaux (plus de 30 stations) est entièrement gratuite avec le JR Pass.
Le ferry JR vers Miyajima est également pris en charge intégralement.
Concernant les bus et cars, seuls les locaux sont inclus, et non les express ni les bus de nuit.
Enfin, seuls les trains Shinkansen les plus rapides (Nozomi / Mizuho) ne sont pas compatibles, à moins de payer un supplément sur place.
Voici la carte du réseau de Shinkansen au Japon, fournie par notre partenaire Kanpai (cliquez sur l'image pour l'agrandir) :
Ainsi que le réseau complet des trains JR au Japon (cliquez sur l'image pour l'agrandir) :
Les JR Pass régionaux ont des zones géographiques de validité plus réduites (voir pages respectives) mais les transports compatibles restent les mêmes.